当前我国自动化仓库使用中存在的主要问题是利用率低、效果不明显、规模不确定、优势不突出，使许多库场资源闲置，特别是一些产品批量小而单一的生产企业实现仓库自动化，库场设施设备资源闲置与重复配置矛盾突出。
 
四因素制约自动化水平提升
没有做好仓库建设和规划的充分调查分析工作。这就使得自动化仓库在建设前的设计和规划中，存在着重大的决策问题。为了自动化而自动化，没有对其必要性进行研究和分析，在建设完成之后才发现在实际的利用中对于自动化的要求很低，利用率很小。
对提高仓库作业机械化、自动化的思想认识不足。由于认识不足，对配备的装备不愿使用，思想观念仍停留在人工作业的基础上，对新型的自动化仓库信心不足，并没有把自动化仓储放在一个重要的地位上，从而在思想上放弃了自动化仓储的研究和使用。
外部因素和形势的变化。收发任务的变化、作业量的变化、货物种类的变化，但是仓库设备和管理系统没有跟着变化和升级，久而久之就失去了原有的市场，仓库处于一种闲置状态。
人员素质跟不上。不注重机械操作人员和维修人员的培训，操作维修人员缺乏，使现有装备发挥不出应有的作用。在新建库房设计时没有考虑后续的维护和开发，限制着设备的使用、自动化水平的提高。安装后，部分系统失灵损坏，配件和售后服务跟不上，维修十分困难。
 
四招破解自动化难题
盘活资产，充分利用现有设备，开发闲置资源，盘活资产存量，提高设备利用率，是物流业在转换经营机制过程中提高经济效益的一个重要措施。把闲置的资源充分置于开放的市场中，打破行业与行政区域界限，让市场对资源进行有效合理的配置。出台相关的政策，鼓励专业机构经营闲置设备，扩展设备信息交流渠道，增强信息服务手段。通过正常渠道有偿转让、变卖、租赁、换用闲置设备。
尽可能实现资源共享，防止资源的不必要浪费，研究与推广现代物流管理与运作方式，让生产过程与自动化仓库技术结合，提高企业内部物流的速度。利用网络技术，开展电子商务，实现物流手段现代化和组织网络化，充分利用外部相关产业、企业的资源，真正实现物流经营的规模化、资源共享、风险共担与厂商、批发商、零售商共同建设和使用自动化仓库，成为存货商、配送商、运输商、中转商、流通加工基地及其自有物流基地的后援。为社会提供第三方物流服务，形成一个完整的物流配送体系。在最短时间内完成任何区域内（包括国际）的物流任务，并使物流成本合理，尽可能进行横向联合，开放各自的物流资源，提高市场占有率。